Відділ організаційно-аналітичної роботи та діловодства
Відділ епідеміологічного нагляду (спостереження) та профілактики інфекційних хвороб
Відділення профілактики інфекційних хвороб відділу епідеміологічного нагляду (спостереження) та профілактики інфекційних хвороб
Відділ імунопрофілактики
Відділення особливо-небезпечних інфекцій
Відділ епідеміологічного нагляду (спостереження) та профілактики неінфекційних захворювань
Відділ моніторингу та реагування на небезпеки
Бактеріологічна лабораторія
Вірусологічна лабораторія
Паразитологічна лабораторія
Відділ правового забезпечення
Відділ комунікації та інформаційно - роз’яснювальної роботи
Відділ кадрового забезпечення
Адміністративно - господарський відділ
Відділ бухгалтерського обліку та звітності
Відділення антимікробної резистентності та інфекційного контролю
Відділ дослідження фізичних та хімічних факторів
Санітарно - гігієнічна лабораторія